慢性再生障碍性贫血的首先采用支持治疗。因为白细胞低容易感染所以要预防，血小板低容易出血，要避免出血，防止外伤以及剧烈活动，不吃粗硬食物。血小板低于20×10^9/L者，要卧床休息，不要服用对骨髓有抑制作用的药物，服用影响血小板功能的药物，不要有心理压力。血红蛋白低于60g/L时应该输红细胞，但勿过度输血，以免因为长期输血导致患者铁负荷过重，要控制出血，可以用止血敏、氨基己酸。应该注意的是，如果有血尿的患者绝对禁用氨基己酸。因为出血主要是因为血小板减低所引起，控制出血最主要的是输血小板。

白细胞低可用粒细胞集落刺激因子皮下注射升白细胞，但再障患者骨髓对粒细胞集落刺激因子反应差，升白细胞效果并不好。针对发病机制治疗最主要的是免疫抑制治疗，包括抗淋巴胸腺细胞球蛋白、环孢素，用环孢素应该注意监测患者的血药浓度、肝肾功能等，应该在医生的指导下服药。另外还可以用环磷酰胺，但比较少用。还要使用促进造血的治疗，包括雄激素，比如康力龙、十一酸睾丸酮等。还要使用造血生长因子，有重组人粒细胞集落刺激因子、重组人红细胞生成素，还可以进行造血干细胞的移植。对于40岁以下没有感染以及其它的并发症，有合适供体的再障患者可以考虑造血干细胞移植。