脑仁疼通常称作头痛，即使部分病人觉得自己脑内痛，依旧称之为头痛。导致头痛的病因较多，多数为无法找到病因的头痛，即原发性头痛，如紧张性头痛、丛集性头痛。有可能还出现偏头痛、颜面部神经痛。还有一些其他的原发头痛，如paroxysmal头痛，即阵发性偏侧头痛，均无法找到明确病因。
部分头痛存在明确病因，包括脑血管病，如脑出血或蛛网膜下腔出血引起的头痛，还包括脑内肿瘤，比如年轻人容易罹患的胶质瘤。脑炎、颅内感染也会引起头痛，并且伴有发热、恶心、呕吐等症状。另外，脑膜癌病属于脑内病变，也可以引起头痛。还有一些非脑内病变，如鼻窦炎、打呼噜，也会引起头痛。
