肝囊肿根据其不同的部位和大小，对人体会产生不同的影响。肝囊肿是先天性疾病，在胚胎发育期，肝内小胆管发育异常，造成小胆管的闭塞，没有与整个胆道系统相通，造成局部的胆汁淤积，形成渗出、囊液，造成肝囊肿。目前这个理论是解释肝囊肿成因的最主要学术，在肝内小的囊肿，通常不会对人体造成严重影响。如果生长在特殊部位的囊肿，比如第一肝门、第二肝门，或者肝内主要管道系统周围，这类囊肿即使直径较小，也可能压迫到肝脏的流出道，流入到管道而造成局部的狭窄、压迫，出现相应的临床表现。比较大的囊肿，可能会占据肝脏体积，对肝细胞出现挤压，造成肝细胞的形态的改变，萎缩，有可能出现肝功能损害。

巨大肝囊肿占据肝脏本身的体积，向外生长也会占据腹腔的体积。因此巨大肝囊肿对周围的脏器，也会出现压迫的症状，常见的巨大肝囊肿，可以压迫胃、十二指肠，以及周围的胆囊、胆道，甚至结肠。巨大肝囊肿，也可以造成腹腔腹壁的挤压作用，出现消化道症状，饮食障碍、消化道梗阻。腹部巨大的囊肿，出现腹壁刺激症状，疼痛、腹胀。如果囊肿合并感染，可以出现肝脓肿的表现，如高烧、炎症表现。肝囊肿内也有一部分囊肿与胆道相通，胆汁、血液混入到囊肿内，继发感染，出现其他相应的临床表现。因此要根据肝囊肿的性质，做相应的治疗，以解除对躯体的损害。