胃肠道间质瘤复发，可以根据患者的实际情况判断是否能手术。目前对于复发患者以靶向药物治疗为主，某些靶向药物，如一线用药伊马替尼、二线用药舒尼替尼、三线用药瑞戈非尼和四线用药瑞派替尼，都可很好地控制肿瘤，而且只要药物治疗后肿瘤没有增大，患者都可以从药物治疗中获益。
对于局部复发转移的胃肠道间质瘤患者，复发后肝转移患者如果肿瘤控制良好，甚至缩小，经过医生评估有完整切除的机会者，可以考虑二次手术治疗。另外，还有一部分胃肠道间质瘤患者，复发后肿瘤切除的风险较大，或者手术切除可能严重影响到脏器功能，这部分患者暂时无法手术，只能先口服靶向药物治疗，肿瘤缩小后再进行手术。但如果复发后，肿瘤已经发生了腹腔广泛转移，这部分患者很遗憾没有手术的机会。
