肾结石治疗方案的选择，要根据结石的大小、部位、质地，及有无感染、梗阻、患者身体状况进行选择。对于6mm以下的结石，可以尝试保守治疗，包括观察等待、自行排石、溶石等处理。
对于7-20mm的肾结石或15mm的肾下盏结石，可以考虑行体外冲击波碎石的治疗。对于超过20mm或超过15mm的肾下盏结石，可以选择经皮肾镜进行处理。
目前输尿管软镜技术的兴起替代了部分经皮肾镜的方案，同经皮肾镜相比较，输尿管软镜技术创伤性和并发症较小。经皮肾镜的问题在于感染和出血的风险较高，输尿管软镜在这方面的并发问题较少。
但是输尿管软镜价格昂贵，而且碎石效率相当于经皮肾镜差。对于有明显病因的肾结石，如存在感染性因素或梗阻性因素的结石，必要时选择开放性手术或腹腔镜手术进行结石治疗。
