胃肠功能紊乱是一大类的疾病，发病机制也非常复杂，到目前为止从医学上来讲，其发病机制并不清楚。因此吃什么药最有效还要取决于这个胃肠道功能是什么样的紊乱，涉及的病因是什么，然后针对这些紊乱和病因来选择药物，可能才能达到比较有效的效果。

其实胃肠功能紊乱包括了六大类的疾病，最常见的是功能性消化不良和肠易激综合征，这是两种不同的疾病。对于功能性消化不良，病人可能主要表现的是腹胀、早饱、嗳气等症状。

针对这样的症状，可以选择促动力的药物，比如吗丁啉(多潘立酮片)、盐酸伊托必利片。以及可以适当补充消化酶，像泌特(复方阿嗪米特肠溶片)或者米曲菌胰酶片等药物。

对于肠易激综合征，很多病人可能是大便次数的增加，同时伴有腹疼情况，可以选择马来酸曲美布汀片、得舒特(匹维溴铵片)这样的药物来调节肠道动力，同时也可以补充消化酶。另外，还可以用益生菌的药物来调节肠道的微生态。

无论是功能性消化不良还是肠易激综合征，以及其他功能性胃肠病。这些病人大多数都存在着大脑神经功能的紊乱，比如可能病人有长期的睡眠不佳，或者有焦虑、抑郁、紧张、压力等，对于这部分问题，还需要用相关的药物去调节。

具体还要医生判断是以焦虑为主，还是以抑郁为主，还是失眠的问题，或者是焦虑、抑郁同时存在。根据这样的情况，还要给予神经调节的药物，也是比较复杂的情况，很难几句话都说清楚。

所以对于这样的功能性胃肠病，其实也是疾病，也需要到医院去寻求医生的帮助。在医生的指导下来选择药物进行治疗，情况非常复杂，治疗的方法可能选择也不一样。