新型冠状病毒肺炎通常不会引起扁桃体发炎，病人最常见症状是发热、乏力、干咳，但部分病人可能出现流涕、咽痛、鼻塞等上呼吸道症状，主要是咽喉部的炎症。理论上新型冠状病毒可引起相应的鼻咽、口咽部的炎症表现，也可累及扁桃体，但实际临床工作中，很少发生扁桃体发炎现象。
实际扁桃体发炎，主要指发生链球菌、葡萄球菌感染而引起扁桃体发炎，病毒引起扁桃体发炎的现象在临床相对少见。新型冠状病毒的德尔塔变异株，病毒载量比较高，病毒载量在下呼吸道常比上呼吸道更多，因此下呼吸道分泌物检出核酸阳性的可能性，常高于上呼吸道。新型冠状病毒肺炎的病人，在鼻咽部、口咽部进行核酸检测均可，但下呼吸道分泌物更加容易检测出阳性。
