甲状腺囊肿的手术并不是特别痛苦，因为在进行甲状腺囊肿手术的时候，无论如何都会给患者进行适当的麻醉。有的医生愿意给患者局部麻醉；有的医生为了减少患者在术中的恐惧和不适感，会让麻醉师给予患者全身麻醉，使患者有更好的手术体验。
但是无论何种手术方式，手术切除的部位和范围没有太大差别，因此患者不必对甲状腺囊肿手术有太多的恐惧感。而且甲状腺囊肿本身是属于良性病变，只要进行了局部切除，或者连同囊肿周围的部分甲状腺部分切除，疾病便可以达到治愈的目的。
当然甲状腺囊肿切除以后。由于会有甲状腺的残留，在剩余的甲状腺组织中，以后仍然会有甲状腺囊肿再次复发的可能。因此对于甲状腺囊肿的手术适应证主要是患者的囊肿较大，产生了一定的压迫症状，或产生了对患者外观的影响，还需要进行手术切除。
