13价肺炎疫苗主要用于预防肺炎链球菌感染，肺炎链球菌又称为肺炎双球菌。肺炎链球菌广泛分布于自然界，人类是重要的自然宿主，在人的鼻咽部、口腔，肺炎链球菌均可正常存在。儿童鼻咽部携带率明显要高于成年人，婴幼儿被认为是肺炎链球菌最主要的储存宿主。肺炎链球菌会导致婴儿肺炎、菌血症、脑膜炎等相对比较严重的疾病，肺炎链球菌是肺炎的主要病因之一，也是引起鼻窦炎和急性中耳炎最常见的病因。
世界卫生组织推荐将肺炎链球菌疫苗纳入到免疫规划，尤其是对于5岁以下的患儿，死亡率明显高于5‰的国家。曾经患过肺炎的孩子其实也可以接种13价肺炎疫苗，因为肺炎链球菌有90多个血清型。疫苗针对的是最常见的多种血清型，不只是本次肺炎类型的血清型，但是13价肺炎疫苗只对该疫苗所含有的肺炎链球菌血清型具有主动免疫，预防肺炎链球菌引起的侵袭性疾病，具有预防保护作用。但是这个疫苗不能预防除该疫苗以外的血清型和其它微生物导致的侵袭性疾病，包括肺炎、中耳炎等疾病。接种疫苗可以显著降低儿童感染肺炎、死亡风险，特别是对于早产儿、免疫力低下的婴幼儿一定要接种，该疫苗可以起到很好的预防作用。