百会穴疼痛的原因可以分为以下两个方面：

1、西医：百会穴疼痛的原因包括紧张性头痛，由颈椎病造成的头后部或头顶疼痛，头部其他疾病也会出现百会穴疼痛。焦虑、抑郁可能出现头顶部疼痛，需要进行鉴别诊断，避免盲目治疗；

2、中医：百会穴疼痛，即肝经疼痛，也称厥阴头痛。治疗要疏肝，可以服用药物或者针灸，针刺肝经太冲穴，太冲穴在足底1-2趾之间的趾缝处，相当于手上合谷穴的位置。对此穴位进行针刺或者按压，有较好的治疗头顶疼痛的效果。