目前治疗胃间质瘤的药物，大概有一线用药、二线用药、三线用药，还有现在新出的，叫四线也好，也可以叫新出的相关的辅助用药。最经典的药物就是常提到的伊马替尼，这个也是问世以来最早的靶向药物。所以说，胃间质瘤疾病的靶向药物治疗，已经研究得非常透彻了。
药物的选择上，要根据肿瘤的基因情况，也就是常提到的CK的基因，还有PDGFα这两个基因的相关位点有没有突变，是野生型还是基因的表型的情况，来具体的制定用药方案。常用的药物最经典的也就是一线用药，就是甲磺酸伊马替尼。它对CK的11位点的突变效果非常好，但也有一些其它位点的突变，对伊马替尼原发性耐药，或者是用了伊马替尼以后出现了耐药。
可能就需要用二线，甚至到后面可能用到三线，包括舒尼替尼、瑞戈非尼，包括现在新提到的瑞派替尼、阿帕替尼，这些药物都是针对胃间质瘤的一些药物。但具体选择哪一个药物，还是建议到专科医生那里进行规范诊治。
