临床上抗病毒眼药水有阿昔洛韦、更昔洛韦，这两种眼药水在临床工作中可以治疗大多数病毒感染带来的眼部疾病，常见的是病毒性结膜炎、病毒性角膜炎。
如果眼部疾病使用阿昔洛韦和更昔洛韦抗病毒效果不好，可以通过全身给药进行辅助治疗，比如可以口服抗病毒药物，如病毒唑、阿昔洛韦、更昔洛韦，或者可以脊柱给药、静脉给药，可以辅助治疗眼部病毒性感染引起的疾病。
近年来还有更多抗病毒眼药水在研制，如无环鸟苷滴眼液和眼膏，还有含鱼腥草成分的中药，中药成分抗病毒作用的眼药水成分比较复杂，有些病人可能会有过敏反应，用了眼药水之后眼睛更痒，应该立即停止使用，到眼科确诊原因。
