PET-CT检查在肿瘤中应用非常广泛，但无法查出所有癌症，它是通过体内糖代谢来诊断疾病，若病灶有糖代谢，基本均可显示。因为肿瘤一般生长较快，糖代谢较高，可为诊断提供依据。PET-CT对绝大多数肿瘤如肺癌、乳腺癌、黑色素瘤、侵袭性淋巴瘤等诊断率高，还能显示全身情况，观察有无转移。
但PET-CT并非100%准确，对部分肿瘤依旧不敏感，如前列腺癌、高分化肝细胞性肝癌、空腔脏器肿瘤以及一些细胞成分较少、分化较好的肿瘤。此外，部分炎症糖代谢也较高，需结合临床症状、实验室检查、CT、磁共振综合分析，确诊肿瘤的金标准是病理诊断。所有影像学检查均有利有弊，日常生活中医生会根据患者的具体情况选择合适的检查。
