由于宫腔镜手术具有创伤小、副作用少、治愈率高、手术和住院时间短、适应范围广等优点，逐步被公众所认可。随着技术的更新，手术适应范围不断扩大，但并发症也随之增多。宫腔镜常见的术后并发症是出血、感染和疾病的复发。所谓出血可以通过术前或术中采取治疗方式，例如术中出血可以用球囊压迫止血或用药物促进子宫收缩止血，很大程度上可以避免术后的大量出血。对于感染，术前和术后均使用抗生素预防感染，因此术后发生感染的风险也是较低的。原有疾病的复发，如患者既往有宫腔粘连，虽然进行宫腔粘连分离术，但术后也有再次粘连的可能。还有子宫内膜息肉本身就是个容易复发的疾病，因此宫腔粘连或子宫内膜息肉均有二次宫腔镜手术的可能。
