小便时有尿痛有以下几种原因：
1、泌尿系统感染：可分为上尿路感染、下尿路感染，其中尿痛以下尿路感染更明显，下尿路感染有分为膀胱炎、尿道炎，尿痛症状以尿道炎更明显，膀胱炎也有排尿刺痛症状，除了排尿刺痛症状以外，患者可能还有尿频、尿急、下腹部疼痛等不适，一般没有发热等全身症状；
2、男性生殖系统感染：如精囊炎、前列腺炎，都可导致排尿刺痛，尤其是前列腺炎，患者会出现排尿的刺激症状，如尿频、尿急、尿痛，也会出现骨盆区域疼痛症状，如下腹部、腹股沟区、腹内侧、阴茎、阴囊、尿道区等；
3、结石、肿瘤：膀胱结石、输尿管末端结石会引起尿频、尿急、尿痛等刺激症状，膀胱结石通常伴有排尿中断，输尿管末端结石通常伴有排尿困难，而肿瘤最常见的是膀胱原位癌，通常以尿频、尿急、尿痛等刺激症状作为临床表现。
所以出现上诉疾病，需要进行相应的辅助检查，明确诊断后对因处理。
