经颅磁治疗仪在康复治疗中是一个广泛采用的治疗方法，但是在临床中要把握好禁忌症，以免造成不必要的损害。经颅磁刺激仪的绝对禁忌症如下：
1、头颅内有金属的异物或者带有心脏起搏器的患者、心脏支架植入的患者、有耳蜗植入者、有颅内压明显增高的患者，接近刺激线圈部位的金属或者电子仪器，例如助听器、医疗泵等植入体内的异物有被破损的风险；
2、癫痫患者或者癫痫家族患者应该禁止使用高频率、高强度的刺激，经颅磁治疗具有容易诱发癫痫发作的风险。
虽然在1998年国际经颅磁刺激协会发布的安全指南中指出，经颅磁刺激仪对预防癫痫病发作有很大作用，但对癫痫病患者或者是癫痫病家族史的患者，即使使用常规高频率的治疗方案，都有诱发癫痫的可能性，因此该风险必须要与患者进行进一步的交代。但低频率的治疗是可以的，所以对于癫痫的患者，经颅多普勒是一种双刃剑，必须要把握好禁忌症。
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