第三脑室肿瘤鉴别诊断主要根据两个方面：
1、第一个方面是影像学检查；
2、第二个方面是病人的临床症状，颅脑是一个密闭的空间，疾病的诊断和胸腔及腹腔疾病是不一样的。比如胸腔疾病可以通过听诊来进行不同病因的鉴别，对于腹部可以通过触诊来进行疾病的诊断和鉴别诊断。脑部是人体最重要的器官，有坚硬的颅骨保护，所以对于脑肿瘤的诊断和鉴别诊断，主要靠影像学检查，CT和磁共振检查。第三脑室肿瘤比如颅咽管瘤、垂体瘤、生殖细胞瘤，在影像学上是不一样的，垂体瘤是不规则、混杂的信号，像颅咽管瘤多数混杂有钙化，这是影像学的诊断。临床表现不同性质的第三脑室肿瘤表现也是不一样的，如垂体瘤有内分泌障碍，生殖细胞瘤多饮多尿。