益生元应该可以治便秘，但益生元治疗便秘是间接作用，益生元是肠道微生态系统中较重要组成部分，主要为肠道益生菌提供营养，促进肠道益生菌生长、增殖。益生菌在肠道里发挥较重要作用，可以改变肠道微生态环境，改变肠道pH值、酸碱度，另外可以分解代谢较多所摄入的营养成分，帮助人类吸收有益成分，帮助降解肠道膳食纤维。
膳食纤维在益生菌作用下可以生成较多短链脂肪酸，比如丁酸、丙酸、乙酸等，能够促进肠道使碱性环境得到改善，减少毒素产生、吸收，也可以促进肠道分泌胃肠激素，以及5-羟色胺等神经递质，通过调节肠道多种短链生物活性物质来调节神经功能，神经功能又可以反过来促进肠道蠕动加强，肠道功能维护，以此机制治疗便秘。益生元治疗便秘不会立竿见影，是通过相对较长时间改变肠道微生态环境，增加益生菌数量来改善便秘症状。
