打哈欠是一种生理现象，几乎所有哺乳类动物都会打哈欠，其原因很可能是由于脑缺氧。大脑半球深部有个部位称为下丘脑，其中有许多重要的神经内分泌核团。
如视上核和室旁核，可以分泌抗利尿激素和催产素，而室旁核就是哈欠中枢，动物实验证明如果室旁核缺氧，动物哈欠就会增多。室旁核也是应对心理压力和肉体疼痛的回应中枢，临床观察发现脑血液循环异常的患者。
如脑出血、贫血、睡眠呼吸暂停等就会导致脑缺氧，打哈欠的频率会增加，以及晕车、晕船、饥饿时，打哈欠都会增加，处于过度疲劳、熬夜、缺睡眠、休息不好，以及进餐过饱时也常常会打哈欠。
打哈欠常常伴随流眼泪，以及面部和全身肌肉的紧缩，产生刺激传递到大脑，使大脑保持兴奋，因此打哈欠也是提醒大脑保持警觉清醒的一种方式。
