作为一种微创治疗手段，肺癌的消融手术治疗主要的缺陷在于有部分肺癌不适合做消融治疗，即肺癌消融治疗具有严格的禁忌症，常见的禁忌症包括：
1、肺门部病变区域伴有较大空洞者；
2、重要脏器功能衰竭；；
3、中央型肺癌合并严重阻塞性肺炎者；
4、肺癌转移至颈椎，胸椎，椎体破坏严重，有其它危险者；
5、肺部弥漫性转移病变者。
6、当患者体内有起搏器时不可以做射频消融治疗。
肺癌消融术后还会有并发症的出现，甚至是严重并发症出现。一般的并发症对于肺癌患者而言创伤不大，比如手术时候引起的气胸，少量的咯血不严重，有时会有大咯血的存在，这时就需要介入栓塞来干涉。另外，肿瘤在消融之后还可以出现肿瘤消融部分的感染。
甚至部分患者可以出现胸膜气管瘘，这是一种比较严重的并发症。消融治疗虽然是一种肺癌的非常好的微创治疗方法，但也有缺点。
