免疫性肝硬化晚期的症状与其他原因导致的肝硬化晚期症状类似，因为都是导致严重的肝功能不全和肝硬化引起严重的并发症，如门脉高压、食管-胃底静脉曲张、呕血、便血、大量腹水、脾肿大、脾功能亢进、三系血细胞下降、肝性脑病、肝肾综合征、肝肺综合征以及功能器官衰竭，如肾功能衰竭、呼吸功能衰竭、肝功能衰竭等。
此外，最主要的是免疫性肝硬化会合并免疫性疾病，比如甲状腺炎、溃疡性结肠炎等。免疫性肝硬化在早期的症状会根据其免疫器官的不同而有所差异，包括自身免疫性肝炎、自身免疫性胆管炎。具体的早期症状是以肝细胞损害，还是以胆管细胞损害为主，有所区别，其病理检查也有差别。
免疫性肝炎主要是以肝细胞损害为主，免疫性胆管炎主要是以胆管细胞损害为主。免疫性胆管炎初期以黄疸为主要表现，患者在早期针对自身免疫性肝病要及时进行控制，能有效预防免疫性肝硬化的发生。
