因为儿童心脏封堵术是在全麻中操作，所以可能会产生相关的手术风险或不良反应，常见情况如下：
1、穿刺损伤：因为要经过血管穿刺，再到心脏内放封堵器，所以在血管通路中有可能会造成穿刺损伤，如血管壁损伤，导致出现穿刺处血肿、血管受累、假性动脉瘤；
2、栓塞：由于封堵器要放置在心脏上，如果封堵器不牢固出现脱落，梗塞到心脏某个部位，可能会导致急性心脏梗塞或流出道梗塞，有生命危险；
3、血小板减少：部分儿童封堵器在心脏内，可能会与红细胞碰撞，造成封堵器所带来的血小板减少、血小板消耗、溶血等表现；
4、传导受损：由于封堵术在心脏内进行操作，有可能对心脏瓣膜、传导系统造成损伤，如封堵术伴随的心律失常。若缺损过大，封堵器可能会影响心脏传导系统，严重者可能会导致Ⅲ度房室传导阻滞。
但是心脏封堵术优势、好处远大于不良反应，对于符合封堵术适应证的儿童，仍建议在有资质的医院或经验较丰富的医生指导下，开展心脏介入的封堵治疗。
