肾囊肿较大时通常需要外科手段进行干预，常用的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶术。手术主要是在体内打3个眼，通过内镜伸入体内找到肾囊肿，把肾囊肿表面的囊壁去掉一层，把囊液放出后，再在缺损的囊肿内填充脂肪组织，之后手术就算基本完成，总体而言这个手术比较简单，也很安全。
此手术的手术风险主要取决于患者的内科情况，因为腹腔镜手术需要在全麻下进行，而心脏功能、肺功能对手术和麻醉都有重要影响。如果患者长期处于肺功能较差的状态或长期患有慢性阻塞性肺疾病，全麻后有可能出现呼吸恢复较慢或者呼吸恢复不良，导致患者出现重要脏器的缺氧。或者是患者术前存在心肌缺血或者心律失常的情况，在麻醉或手术打击下，有可能出现心脏功能异常，因此需要在术前充分地评估患者的心肺情况，手术本身较为简单，并不会出现严重的并发症。
