十二指肠溃疡最有价值且最直接的检查是胃镜，医生将胃镜经由患者口腔伸入食管，然后继续向下伸入胃腔直至十二肠，若患者十二肠有溃疡表现、存在炎症或有其他方面症状，均可通过胃镜初步观察到内里情况。胃镜是与人体手指粗细、大小相似的软镜，前方设有摄像头和部分管腔，以帮助医生将较为精细的器械伸入其中。
若通过胃镜发现十二肠腔内存在溃疡面，则基本可以判断为溃疡，无需采取病理检查便可基本确定为十二肠溃疡。但如果发现患者十二肠内长有新生物，此时可通过胃镜上较细的管腔伸入活检钳等精密仪器，将病理组织取出并判断其良恶性、溃疡或炎症与否。因此，如果怀疑患者胃部或十二肠存在问题，可首先通过胃镜方式进行初筛检查。
