有痛肠镜在临床上称为普通肠镜，就是在没有做静脉麻醉的情况下做肠镜检查，即在完全清醒的状态下，肠镜插入到肠腔完整地观察结肠。可能会存在少许的胀气、疼痛等不适感，但是多数患者都能耐受。无痛肠镜是指在静脉麻醉下做肠镜检查，注射麻药后，患者可以在睡眠的状态下做肠镜检查，相对普通肠镜而言没有痛苦。
肠镜操作的过程中，镜子需要从肛门插入，然后完整地观察结肠。移动肠镜的过程当中要有少量的注气，肠腔才能展开，由于肠腔不是笔直的管道，所以拐弯的时候还可能会有牵扯的疼痛等不适感，通常肠镜顺利到达回盲部之后，不适感会消失。在退镜的过程当中，会细致观察肠腔、黏膜的整个范围。虽然普通肠镜会有一点胀气和不适，但其实大多数人都可以耐受检查。
