肝胆管结石怎么治疗最好，取决于结石现有的状态。具体如下：

1、随访观察：如果结石的数量较少，患者也没有任何的症状，定期地随访就可以；

2、手术取石：如果结石反复地引起了肝内的感染，导致了肝脓肿、肝萎缩，这种情况下先要给予消炎、保肝等对症处理，待症状缓解后再考虑择期手术治疗。手术的方式要根据结石的位置、数量，以及肝萎缩的程度来进一步地判定。如果可以通过胆总管将肝内的结石取干净，而且肝脏没有太大的异常，进行胆总管切开取石手术治疗即可。但如果结石位于胆管的远端，通过胆总管没有办法将结石取干净，而且合并有肝脏的肝叶萎缩，可以针对性地将萎缩的肝脏连同结石一起进行区段性的切除，达到根治结石等目的；

3、肝移植：如果结石的数量较多，属于全肝结石，此时有可能在肝切除的情况下也无法取净，只能通过进一步随访、复查，以观测残余结石是否引起相关的病变。某些远期、长期的情况下，可能会导致严重的胆汁性肝硬化、肝内大量的结石，这种情况下只能考虑最终给予肝移植治疗，可以有效地替换肝脏，达到根治的目的。但长期的结石一定要注意，有小概率诱发肝内胆管癌的风险，需要及时地进行检查、治疗。