肺囊肿手术因需全麻，故与其它肺部手术风险相同。主要存在感染、出血、支气管胸膜瘘、呼吸功能不全等风险，同时包括全麻相关风险，即患者术中生命体征不平稳。具体可分为手术本身带来的并发症和全身性的并发症。而肺叶切除并发症包括早期出血、气胸、胸腔积液、胸腔感染、支气管胸膜瘘等。支气管胸膜瘘即指支气管残端没有一期愈合出现支气管胸膜瘘或出现肺部感染、肺炎、肺不张等情况。
而患者合并基础疾病，如糖尿病、冠心病、脑梗塞等也会加大手术期间风险。术后需积极咳嗽、咳痰，以免肺炎、肺不张等并发症发生。而术后需早期下地活动，以免形成下肢静脉血栓。且肺部手术术后一般主张患者早期下床多活动，有利于咳痰和术后肺功能恢复，同时有利于胃肠道功能恢复。
