对于肝内胆管结石，目前没有公认有效的药物能使其排出来，通常需要通过手术的办法解决肝内胆管结石。因为肝内胆管结石的形成，通常是在肝内胆管狭窄的基础上导致，因此只要狭窄段还存在，肝内胆管结石就不可能被治愈。对于肝内胆管结石，通常需要把包括狭窄段胆管在内的肝脏组织切除，才有可能得到根治。对于肝内胆管结石，要了解大小、范围、分布决定怎么治疗。

如果肝内胆管结石局限在肝脏的一叶或者一段，可能需要通过把肝段或者肝叶切就可以。当然对于孤立的、没有胆管狭窄的肝内胆管结石，或者对于肝脏没有出现萎缩，肝内胆管结石分布的相对较广，没有肝内胆管狭窄的情况，可以试服用熊去氧胆酸，促进胆汁的流动，观察结石能不能掉下来。但是肝内胆管结石如果掉下来，掉到胆总管里，有可能会引起胆总管的梗阻、胆管炎、胰腺炎，因此一般不会这样做。对于肝内胆管结石，最有效的办法还是手术的办法。