在结扎手术过程中会有一定疼痛的感觉，在结扎手术之后，通常手术相关的疼痛就不明显，在术后恢复期可能会有阴囊胀痛的感觉。在结扎手术过程中，医生通常要注射麻醉药物，注射麻醉药物之后医生在切开皮肤、分离输精管的过程，患者基本就已经没有疼痛的感觉。但是手术中在牵拉输精管时可能会有疼痛，由于输精管牵拉睾丸，造成一种牵拉、拽着疼痛的感觉。在手术结束之后，疼痛感觉通常较快就结束，在手术后伤口的疼痛和阴囊、睾丸部位的疼痛，通常都不明显。
手术后需要担心的疼痛是从做完手术开始，通常到术后1-2个月，会有一种隐隐阴囊胀痛的感觉。由于精子排不出，淤积在附睾和近端的输精管中，会有一种胀胀的不舒服，此感觉通常不严重，而且随着时间的推移一般会逐渐好转，患者逐渐会适应此感觉，最终对生活没有较大影响。所以做结扎手术可能疼痛的时间，通常是手术中牵拉输精管时和术后恢复期，绝大多数情况下患者都可以耐受，通常不会对生活质量有较大的影响。
