非典型性肺炎和常见呼吸道疾病的预防相似。首先保持良好心态，不要惧怕疾病。在疾病流行期间，避免人群多地方，如果无可避免，比如幼儿园里患病的孩子增多，尽量减少孩子去幼儿园的次数。注意经常勤洗手，保持手的清洁，经常多吃新鲜的瓜果蔬菜，增加维生素的摄入量。注意适当体育锻炼，增强体质，达到预防疾病目的。非典型性肺炎常见的病原体是支原体、衣原体和军团菌。预防支原体感染，在支原体流行季节注意勤洗手、开窗通风、戴口罩。衣原体是动物传播，比如鹦鹉热衣原体、家庭饲养宠物时要注意宠物清洁。军团菌见于水源性感染，比如注意空调设施的清洁和保养，预防相关疾病。
