脑脓肿虽然是脑部比较严重的感染，但经过积极有效的治疗，患者不一定会遗留后遗症。但脑脓肿患者癫痫发生的概率比一般人明显要高，甚至比一般的颅内肿瘤患者发生概率要高，临床较为常见。
脑脓肿存在复发的风险，发生在功能区的脑脓肿，会存在一定程度的神经功能障碍后遗症，比如大脑半球额叶的脑脓肿，患者可能出现性格改变。颞叶、顶叶和岛叶发生脑脓肿的患者，由于在局部形成软化灶，可能刺激大脑皮层，造成异常放电，从而遗留长期的癫痫。枕叶脑脓肿的患者会遗留一定程度的视野缺损。
此外，还有一些脑脓肿由于破入脑室系统，容易造成严重的意识障碍和高热，甚至危及患者生命。小脑发生脓肿时，患者常会出现平衡障碍，表现为走路不稳，像喝醉酒一样摇摇晃晃。
