垂体瘤手术之后有一定几率发生后遗症，但通常几率较低。垂体瘤本身是由垂体中部分细胞发生瘤变引起，如果正常的垂体受到肿瘤侵袭、压迫，可以出现垂体功能低下。在手术之后垂体功能更容易发生改变，患者可能会出现内分泌异常，最常见的是皮质醇激素、甲状腺激素水平低下，以及部分性腺激素水平低下。激素水平低下部分是暂时存在，可以经过一段时间自行恢复；部分可能长期存在。当激素水平低下长期存在时，患者可以表现为乏力、食欲不振、虚弱多汗等，此时患者需要进行相关药物替代治疗。比如可以补充甲状腺素、皮质醇激素等。而患者在激素替代治疗之后，以上症状大多可以得到缓解。
另外，垂体瘤手术之后，比较少见的并发症是尿崩症、视力方面的障碍以及鼻腔损伤等。而其中鼻腔损伤比较常见是鼻部疼痛、鼻中隔穿孔、鼻腔出血等，此时则可以针对不同症状在五官科进行相应对症治疗。
