一旦得了卵巢巧克力囊肿，治疗原则或根本目的是缩小或去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗以及促进生育，预防以及减少复发。根据患者的年龄、症状、症状轻重以及有无生育要求、病变范围等等制定个体化的治疗方案，可以采用期待治疗和药物治疗。药物治疗包括避孕药，长期服用会出现人工闭经，即呈现一个假孕的疗法，还有孕激素疗法、受体拮抗剂的疗法以及孕三烯酮、丹那唑、促性腺激素激动剂和手术治疗。目前腹腔镜是治疗卵巢巧克力囊肿的首选，因为腹腔镜手术属于微创手术，因此深受广大患者和医师的喜爱。手术可分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术以及根治性手术，临床上常常采用手术与药物联合的方法来提高疗效，以防止或推迟复发。巧克力囊肿有恶变的可能，需要密切随访，观察囊肿的生长速度、临床症状的变化，结合B超及肿瘤标记物的检查是非常重要的。
