扁平疣的治疗方法很多，首先要明确患者扁平疣是新发还是陈旧性，临床会采取不同的治疗办法。如果是新发的扁平疣，一般建议做疣体包埋术，即切一个新鲜扁平疣埋在皮下让它产生抗体，从而治疗其它扁平疣，这是治疗新发扁平疣较好的方法。

如果是持续了很多年的陈旧性扁平疣，表面为褐色甚至发黑，做疣体包埋术无效，可以选择冷冻治疗、激光治疗或外用药物治疗，通过这三种方法直接祛除扁平疣。但是这三个方法有可能遗留浅瘢痕，比如激光治疗后会结痂脱痂，在治疗过程当中如果护理不当诱发感染，可能会遗留瘢痕。所以进行冷冻治疗、激光治疗时，后期护理很严格。