显微根管治疗和传统根管治疗的区别在于使用的器械。显微根管治疗一般要用到显微镜，显微镜一般可以放大到6倍，甚至10倍。在这样一个放大倍数的情况下，可以很清楚地看到根管口，进行根管预备的操作。
特别是在根管口有变异的情况下，比如在上颌第一磨牙也就是上颌6号牙，一般是3个牙根，3个牙根至少在1个牙根里有1个根管，但是其中有1个牙根即近中颊根，就是靠颊部、靠外边，里边是靠舌头这边，外边是颊部，2个根称为近中颊根、远中颊根，近中颊根有时在1个牙根里会有2个根管。
传统根管治疗是利用口镜，有一个小的反光的镜面。因为视野的局限，通过常规的器械口镜不一定能很好辨别出近中颊根是1个根管，还是2个根管。在显微镜下观察，就很容易看到近中颊根有没有2个根管。
如果有2个根管，治疗要将近中颊根的每一个根管都进行根管治疗的预备、根管治疗的标准处理，将根管给它充填上，将来的治疗效果才是好的。如果有近中颊根第2个根管的遗漏，将来可能遗漏的根管里还会有残留的发炎，会影响将来的治疗效果。
所以在这个方面，特别对于多牙根、多根管的牙，显微根管治疗有它的优势。所以发现变异的根管，完善治疗后，治疗效果才更好。
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