如果是扁桃体本身的疾患，比如累次发作的急性扁桃体炎、扁桃体周围脓肿，还有小儿由于扁桃体增生、肥大造成上呼吸道不畅，出现呼吸困难或者吞咽不便，甚至于晚上睡眠出现打鼾，睡眠不好，还影响小孩颅面部的发育，这种情况下都需要行扁桃体摘除术。还有其它的如扁桃体角化症或者扁桃体肿瘤，也要进行扁桃体手术切除。慢性扁桃体炎可以引起邻近周围的病变，如反复发作的鼻炎、鼻窦炎、咽喉炎、中耳炎，还有淋巴结炎症，如果确定与扁桃体炎症有关，可以施行扁桃体切除术。扁桃体还可以作为病灶引起全身其它脏器改变，如风湿热、风湿性心脏病、关节炎以及肾炎风湿性肾炎等，均可以考虑行扁桃体切除术。
