怀孕两个月以后有褐色分泌物，这个问题在临床非常多见，具体如下：

1、在胚胎着床时，侵蚀破子宫内膜后，血管有点破裂，有少量流血积聚在宫腔或者阴道中，可缓慢的变成褐色分泌物，然后排出，实际上是流血以后血红蛋白氧化混着阴道分泌物而出现的一种现象，所以不必过度紧张；

2、不排除有先兆流产的情况，有些胚胎胎停育以后也会出现这种情况，胎停育以后失去激素支持，胚胎处于停止发育阶段，当激素水平下降以后，子宫内膜失去支持也会出现这种流血情况。所以两个月以后出现褐色分泌物，一般先做超声检查，排除胚胎异常，然后再确定其它原因。