复杂性肛瘘手术一般采用静脉麻醉即全麻。是较简单的全麻，而不是插管全麻。此种麻醉最大的好处是能够让病人完全放松，而且自己完全没有痛苦，肛门松弛的状态也非常好，此时大夫就可以非常放松的检查肛门，因为复杂性肛瘘管较多，各个支管、内口、外口等都能检查得非常清楚。全麻状态下肛门的松弛特别好，不像局麻或者腰椎麻醉有时也达不到此效果，而且全麻能使肛管整个下移。很多复杂性肛瘘是高位的，高位就希望他的肛管能够下移，这样手指就能到最高的管道位置。如果是局麻，病人的收缩能力很强、也会躲避，效果较差。所以对于复杂性的肛瘘，建议做全麻。
