目前法洛氏四联症的后遗症不算很多，主要相关的并发症包括肺动脉瓣反流或者右室流出道残余梗阻。由于法洛氏四联症的孩子没有正常的肺动脉瓣，右室流出道疏通或者是瓣环加宽以后，瓣膜的作用可能更小，所以手术后往往出现肺动脉瓣反流，反流会加重右心的负担，对术后的恢复和远期右心功能有影响。所以手术后要监测反流的情况，评估是否需要相应的药物或者手术治疗。大多数孩子少量的反流不需要处理，如果反流症状比较重且右心功能衰竭，可需要换瓣，但要换瓣在儿童中可能比较少见。法洛氏四联症患儿可能到成人出现相应的症状，所以肺动脉瓣反流需要定期随访。该患儿经过手术之后，需要右室流出道异常肌束的疏通和肺动脉瓣环，肺动脉瓣的加宽，有部分孩子可能会出现局部的疤痕挛缩，或者局部残留的肌束的梗阻，可能造成右室流出道有一定的压力差。一般轻微的残余梗阻不需要处理，但是部分的孩子需要做相应的治疗。
