小针刀若在正规操作下，则后遗症非常少；但如果过度治疗或不恰当治疗，则会带来相关后遗症，如针刀部位粘连加重，局部血管损伤导致血肿，神经损伤出现肢体远端活动受限，当然不同针刀治疗不同疾病，导致的后遗症是不一样的，如腱鞘炎，如果操作医生或操作针刀的人对局部解剖不熟悉，可能会损伤周围神经、血管甚至出现肌腱断裂，对于治疗如治疗颈椎病，如果操作医生对颈椎部位解剖不够了解，有可能损伤到椎动脉，椎动脉是人体非常重要的大动脉，一旦损伤可能出现大出血，甚至休克、死亡；如治疗腰椎间盘突出，由于操作不当容易导致针刀损伤神经根，出现神经下肢麻木、疼痛、活动受限，甚至损伤到脊柱保护的脊髓，可能出现瘫痪、下肢无力等，所以对于针刀后遗症问题，要根据不同的情况做不同分析，建议患者找受过针刀正规培训、熟练掌握解剖资质的医生来操作，可以尽量减少针刀并发症及后遗症。
