直肠间质瘤和其他直肠恶性肿瘤的类型非常不一样。对于直肠最常见的直肠癌来说，常见的治疗方式有手术治疗、化疗、放疗、中医药治疗等方法，但是对于直肠间质瘤来说，由于其对于放疗、化疗都不敏感，所以直肠间质瘤最主要治疗方式就是手术治疗和靶向治疗。对于肿瘤比较小，一般来讲3cm以内的可以首选通过手术来治疗，而对于超过3cm以上，或者肿瘤邻近重要器官，比如做手术可能影响到肛门功能，或者肿瘤邻近前列腺，如果通过手术切除，可能影响患者排尿功能或者性功能，这时候就应当首选靶向治疗，通过靶向治疗药物，缩小肿瘤之后，再次对肿瘤进行手术治疗。而对于已经发生远处转移的患者，也要首选进行靶向治疗，将肿瘤达到降期之后，再进一步考虑有没有手术治疗意义。
