ERCP取石也是一种手术，虽然是微创手术，但它也是一种手术。任何手术都有一定风险，只是有概率的大小。另外，该手术的风险还跟疾病本身，如胆总管石头都非常大，化脓性胆管炎，胆囊炎症水肿很厉害，或本身有基础疾病如肝硬化，或部分病人有血友病，或部分病人有高血压，血压高的病人如果取石做切开容易出血。部分病人因为血小板功能不好，有吃抗脑血栓或防止血小板聚集的药，如氯吡格雷或阿司匹林，都要提前暂停5-7天，再做ERCP的风险也会降低。该手术操作最好选择比较熟练的医生，因为该区域是比较危险的地方。如果在操作不熟练的情况下，容易出现并发症，如本来要插胆管，但插到胰管去，可能诱发胰腺炎。要选择胆总管的切开，选择大概11点钟的方向进行切开，而且不能太快，技术操作都会有影响。最主要常见的并发症是出血、穿孔，合并感染以及胰腺炎等并发症。ERCP的风险有，但总体来说整个ERCP的操作是微创，风险出现的概率非常低，跟外科来比ERCP各种各样的并发症要低得很多。所以认为ERCP是创伤小，恢复快，住院病程短，效果好的一种手术方式。
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