膀胱灌注化疗，通常有如下3大类副作用：
1、尿路刺激症状：最常见的是下尿路症状，包括尿频、尿急、尿痛，主要是化疗药刺激所导致，以及在灌注化疗过程中，进行尿管操作时会刺激到尿路，有的患者合并感染时可能造成尿路症状；
2、消化道不良反应：主要为食欲减退、恶心、呕吐等不良表现；
3、骨髓抑制：少见的是骨髓抑制的表现，其表现和全身化疗类似，可能出现白细胞以及血小板等，相应细胞减少的表现。
还有一种灌注药物，即免疫治疗，使用卡介苗类药物，也会出现不良反应。其刺激症状相对较重，比如出现尿频、尿急、尿痛，以及出现结核杆菌的特有表现，包括低热、盗汗等，严重时出现脓毒血症等相应症状。
