根据肝囊肿的分类，最多见的是先天性肝囊肿，以及其它的肿瘤性肝囊肿、炎症性肝囊肿、寄生虫性肝囊肿。对于最多见的先天性肝囊肿，最主要的治疗方法是手术，目前主要采用微创治疗方法，如腹腔镜肝囊肿去顶减压术，以及其它治疗方法，如通过注射酒精，使肝囊肿缩小，但这种效果一般不佳，容易复发。对于其它类型的肝囊肿，比如寄生虫性肝囊肿以及肿瘤性肝囊肿，可以开具相应肝脏切除手术方案。对于先天性肝囊肿，手术治疗效果比较好，经过去顶减压以后，肝囊肿一般会消失，但有时候会复发。对于寄生虫性肝囊肿，切除以后，辅助抗寄生虫药物，效果比较好。对于肿瘤性肝囊肿，切除肝段或者肝叶以后，若为良性肿瘤性肝囊肿，则手术效果比较好；但若为恶性，则囊肿有可能会复发，这是时间长短的问题，有的时间可能长，有的时间短。如果恶性肿瘤性肝囊肿为早期，则通过手术切除有可能治愈。
