穿刺组织活检诊断的准确率与穿刺得到的标本有很大关系，穿刺病变组织大小、所在位置、病变组织的形态特征等，均能够影响诊断准确性。穿刺组织体积大，穿刺到典型的病变区域则准确率比较高。
相反如果穿刺组织小，没有穿刺到典型病变区域，或者病变本身就具有多样性、不典型性、复杂性，很难做出准确诊断。
随着病理诊断技术的提升，分子病理检测、免疫组化检测项目的广泛应用，穿刺组织活检准确率也在逐步提高，使现在病理科的穿刺标本越来越多。比如淋巴瘤疾病以前不能够进行穿刺进行诊断，而现在基于基因重排的检测、FISH检测项目的应用，以及充分的免疫组化项目的广泛检测，大部分淋巴瘤都能够从穿刺标本中得到准确的诊断。
总体而言，穿刺标本诊断准确率低于常规病理诊断，但是随着医疗技术的提升，现在穿刺标本的准确率也在逐步提升。
