如果长期局部使用降眼压眼药，通常有以下副作用：

1、对眼表系统产生影响或者破坏，由于眼液含有浓度不等的防腐剂，对于眼表细胞以及眼表泪膜，均有明显的破坏作用。而长期点用防腐剂，可能对泪膜稳定性以及角膜上皮，形成毒性损伤，引起泪膜不稳定，以及角膜上皮的毒性反应；

2、对结膜杯状细胞及结膜上皮细胞产生影响，长期点用降眼压眼药，可能对将来需要实行的抗青光眼手术，术后的效果有一定的影响，影响健康的滤过泡形成。

对于长期点用降眼压眼药，患者应该持慎重态度，选择点用次数少、副作用小的眼药，还应该进行定期眼表综合分析仪的检查，判断泪膜、角膜上皮、睑板腺是否受到长期损伤，给予及时调整和治疗。