不同化疗药物的副作用是不同的，对于不同的人产生的副作用也是不同的，这就是所谓的个体差异，最常见的副作用是消化道反应和骨髓抑制。
化疗药物对于快速增长的肿瘤细胞有杀伤作用，对于正常的健康细胞也会有破坏的作用，尤其对于生长比较快的细胞，比如骨髓的造血细胞、口腔黏膜细胞、消化道或者生殖细胞都会受到损伤。化疗药物导致的最常见的消化道反应、骨髓抑制的副作用，目前都会有一些预防的措施来改善。
对于不同的化疗药物产生的一些特殊的不良反应，比如有些药物会产生神经毒性，有些药物会产生心脏的毒性或者有些药物会产生肝、肾的毒性等。一般根据化疗药物产生的毒性做一些预防性的处理，以减轻化疗药物所造成的不良反应。
