对于原发性的下丘脑性疾患，需终身服雌孕激素药物进行治疗。而对于继发性下丘脑疾患，可通过治疗使患者月经来潮。所以对于原发性、继发性下丘脑闭经，一般都给予雌孕激素进行治疗。所有闭经都需要区分，包括下丘脑垂体、卵巢、子宫，以及生殖道，如处女膜封闭等。下丘脑为最高司令部，其为调整月经最高的中枢结构，此类闭经可出现以下情况：
1、原发性下丘脑功能障碍，无月经来潮，为原发性闭经，但属于下丘脑闭经。此类患者是先天性下丘脑存在缺陷，多合并嗅觉问题；
2、继发性下丘脑闭经，因下丘脑出现调节问题，如减重引起的闭经，即典型下丘脑性闭经，所以属于继发性闭经。通常增重后或使用药物调整诱导后，病人可以恢复。
