先天性胆总管囊肿并发症一个是反复出现疼痛、黄疸，最后导致的情况就是孩子感染症状，会出现发热，局部胆管炎，最严重的是胆总管囊肿穿孔。另外它有可能引起长期胆管囊肿持续存在，最后会导致胆总管囊肿癌变，所以这种情况下在临床上主张一般胆总管囊肿最后确诊，肯定确诊就要尽早手术治疗。因为现在随着麻醉技术提高，对新生儿，包括婴幼儿治疗，麻醉基本上可以保证手术安全。所以现在对先天性胆总管囊肿的治疗原则是一旦确诊尽早手术治疗，不要等将来出现相关并发症以后再进行手术治疗，会导致局部解剖结构发生变化，从而导致手术困难。
