电子喉镜可以从鼻腔放入，也可以从口腔放入，主要与检查者的情况有关。若从口腔内放入，通常需要患者拽住自己的舌头，同时放入防止牙齿闭合的物品，以避免咬坏喉镜。若患者没有办法张口，如脑梗或脑出血患者意识不清，或者是孩子不愿配合检查，此时可以经鼻腔放入喉镜，然后经前鼻孔到后鼻孔，再到咽喉部。
部分患者需同时进行电子鼻咽镜与电子喉镜检查，因为是同一个人，所以也不会造成交叉感染，通常就会使用一个内镜。将内镜从鼻腔伸入，然后进行前鼻孔、鼻道以及后鼻孔的检查，然后同时进行咽喉部检查，而不会同时使用两个内镜分别检查。
